• Rappel indemnisation du congé maladie  : Vous percevrez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant pendant 3 mois de congé de maladie puis la moitié de votre traitement indiciaire pendant 9 mois.

Si vous percevez une indemnité de résidence et/ou une nouvelle bonification indiciaire (NBI), ces 2 éléments de rémunération ne vous sont pas versés non plus. Seul, le supplément familial de traitement (SFT) vous est versé si vous y avez droit.

  • Jour de carence

Le texte :

I. – Les agents publics civils et les militaires en congé de maladie et les salariés en congé de maladie pour lesquels l’indemnisation de ce congé n’est pas assurée par un régime obligatoire de sécurité sociale ou est assurée par un régime spécial de sécurité sociale mentionné à l’article L. 711-1 du code de la sécurité sociale ne bénéficient du maintien de leur traitement ou de leur rémunération, ou du versement de prestations en espèces par l’employeur qu’à compter du deuxième jour de ce congé.
II. – Le I du présent article ne s’applique pas :
1° Lorsque la maladie provient de l’une des causes exceptionnelles prévues aux articles L. 27 et L. 35 du code des pensions civiles et militaires de retraite ;
2° Au deuxième congé de maladie, lorsque la reprise du travail entre deux congés de maladie accordés au titre de la même cause n’a pas excédé 48 heures ;
3° Au congé pour invalidité temporaire imputable au service, au congé du blessé prévu à l’article L. 4138-3-1 du code de la défense, aux congés pour accident de service ou accident du travail et maladie professionnelle, au congé de longue maladie, au congé de longue durée et au congé de grave maladie ;
4° Aux congés de maladie accordés postérieurement à un premier congé de maladie au titre d’une même affection de longue durée, au sens de l’article L. 324-1 du code de la sécurité sociale, pour une période de trois ans à compter de ce premier congé de maladie.

 Principe : Désormais, le premier jour d’un congé de maladie constitue le délai de carence pendant lequel aucune rémunération n’est versée par l’employeur.

 Position du fonctionnaire pendant le jour de carence : Le jour de carence est constitué du premier jour de congé maladie et doit être considéré comme se rattachant à la position d’activité pour les fonctionnaires. A ce titre, pour l’ensemble des agents publics, il est pris en compte pour l’appréciation des durées de service, de l’ancienneté requise pour les avancements et promotion. De manière générale, le jour de carence a la même incidence que les autres jours de maladie.

 Pour qui ?

– l’ensemble des fonctionnaires, stagiaires et titulaires.

– l’ensemble des agents publics non titulaires.

  • Exceptions : Congés maladie sans jour de carence.

—> le médecin doit remplir un formulaire spécifique


– invalidité temporaire imputable au service (Citis)

- longue maladie (CLM)

- longue durée (CLD)

A savoir : Lorsque l’agent bénéficie d’un congé de maladie et est placé, rétroactivement, après avis du comité médical, en congé de longue maladie ou de longue durée, il a droit au remboursement du trentième retenu au titre du jour de carence.

– après une déclaration de grossesse et avant le début du congé de maternité

- maternité et congés supplémentaires accordés en cas de grossesse pathologique

- interruption spontanée de grossesse (fausse couche) ayant eu lieu avant la 22e semaine d’aménorrhée

- interruption de grossesse pratiquée pour motif médical (L’interruption médicale de grossesse (IMG) est à distinguer de l’interruption volontaire de grossesse (IVG).)

- 1er congé de maladie intervenant au cours des 13 semaines à partir du décès de votre enfant âgé de moins de 25 ans ou d’une personne âgée de moins de 25 ans dont vous aviez la charge effective et permanente

- en raison d’infirmités résultant de blessures ou de maladie contractées ou aggravées soit en service, soit en accomplissant un acte de dévouement dans un intérêt public, soit en exposant ses jours pour sauver la vie d’une ou plusieurs personnes.

–  accident de service ou accident du travail ou maladie contractée dans l’exercice des fonctions

– prolongation d’un arrêt de travail. Une prolongation est un arrêt de travail succédant directement à l’arrêt de travail initial, mais il est toléré, lorsque la reprise du travail n’a pas excédé 48 heures (quels que soient les jours concernés) entre la fin de l’arrêt initial et le début de l’arrêt suivant, de ne pas appliquer le délai de carence à ce dernier arrêt. Une telle situation concerne, généralement, les agents ayant fait une tentative pour reprendre leurs fonctions et qui se trouvent contraints de l’interrompre à nouveau, un ou deux jours plus tard. Dans ces conditions, il est possible de considérer qu’il s’agit d’une rechute et qu’il n’y a pas eu interruption de la maladie. La non application du délai de carence constitue alors une mesure de bienveillance guidée par le souci d’encourager les agents à la reprise du travail.

A savoir : Lorsque l’arrêt de travail est en rapport avec une affection de longue durée (au sens de l’article L. 324-1 du code de la sécurité sociale), le délai de carence ne s’applique qu’une seule fois, à l’occasion du premier congé de maladie.

  •  Date d’application.

Le jour de carence s’applique à compter du 1er janvier 2018. Tous les arrêts de travail qui se produisent après cette date doivent faire l’objet d’une retenue sur la rémunération. Pour ceux liés à une affection de longue durée qui auraient déjà donné lieu à un ou plusieurs arrêts au titre des années antérieures, le délai de carence s’applique au premier arrêt de travail intervenant à compter du 1er janvier 2018.

Attention : dès lors que l’arrêt de travail a été transmis au service gestionnaire, le premier jour de maladie ne peut en aucun cas être considéré comme jour de congé. Il ne saurait, donc, y avoir compensation de ce jour par l’octroi d’un jour de congé.

  •  Protocole.

–  Les fonctionnaires doivent faire parvenir à leur service du personnel les seuls volets des certificats d’arrêt de travail qui ne comportent pas d’éléments d’ordre médical justifiant l’arrêt de travail (volets n° 2 et 3) et conserver le volet n° 1 qui devra être présenté à toute requête du médecin agréé par l’administration (cf. circulaire FP/4 n° 2049 du 24 juillet 2003).

– En ce qui concerne plus particulièrement l’appréciation des droits à congé de maladie rémunéré à plein ou à demi-traitement, le jour de carence devra être décompté.

Exemple : Si un fonctionnaire est en congé maladie pendant plus de trois mois, il n’a plus droit, désormais, à 90 jours à plein traitement sur une année de référence mobile, et le passage à demi-traitement s’opère après 89 jours de congé maladie rémunérés à plein traitement. Si au cours de cette même période deux jours de délai de carence ont été appliqués, le passage à demi-traitement s’opérera après 88 jours.

Le jour de carence s’applique au premier jour de maladie que celui-ci soit rémunéré à plein traitement, ou à demi traitement.

  •  Le non versement de la rémunération au titre du jour de carence.

Détermination de l’assiette de la retenue :

– a) la rémunération principale ou le traitement de base

– b) les primes et indemnités qui suivent le sort du traitement, y compris l’indemnité de résidence (à l’exclusion de la GIPA) ;

– c) les primes et indemnités versées aux fonctionnaires (à l’exclusion notamment des indemnités représentatives de frais, des heures supplémentaires, des indemnités qui impliquent un service fait, des avantages en nature, des indemnités de restructuration, des indemnités liées à la mobilité,…) ;

– d) la nouvelle bonification indiciaire ;

– e) les majorations et indexations outre-mer.

En revanche, le supplément familial de traitement qui est lié à la charge effective et permanente d’un ou plusieurs enfants est versé en totalité.

 Primes : Durant ce premier jour de maladie, les agents ne peuvent acquérir de droits au titre des primes et indemnités qui ont le caractère de remboursement de frais et au titre des primes qui sont liées à l’organisation ou au dépassement du cycle de travail.

Les éléments de rémunération doivent être calculés sur la base des modalités de liquidation des rémunérations, à savoir la règle du trentième.

 A titre d’exemples :

a) un agent perçoit un traitement brut de 1700 €, une indemnité de résidence de 1% et a effectué des heures supplémentaires pour un montant de 500 € dans le mois : la retenue s’opère sur son seul traitement auquel s’ajoute l’indemnité de 1% soit 1/30éme de 1717 € ;

b) un agent perçoit un traitement brut de 2000 € et perçoit une PFR de 1000 € la retenue s’opère sur l’ensemble de sa rémunération, soit : 1/30éme de 3000 € ;

c) un agent est à l’indice majoré 304 lors de son premier jour de maladie puis a avancé à l’indice majoré 306 les jours suivants, il perçoit en outre, le même mois, 500 € au titre d’heures supplémentaires effectuées au cours d’un mois précédent et un montant de prime de rendement de 300 €. La retenue s’opérera sur 1/30éme du traitement brut correspondant à l’indice 304 et 1/30 des 300 € versés au titre de la prime de rendement, et ce même si la retenue est opérée au cours du mois suivant.

 Cas des agents à temps partiel : L’assiette de calcul de la retenue correspond à la rémunération proratisée.

  •  Cotisations et incidence sur la retraite.

Le jour de carence ne donne lieu à aucune cotisation versée par l’agent public ou l’employeur. Le jour de carence n’est pas assujetti à la retenue pour pension ni aux cotisations sociales dues par les fonctionnaires et les militaires. Le jour de carence est également exonéré de la contribution sociale généralisée (CSG) et de la contribution au remboursement de la dette sociale (CRDS).

Le jour de carence lié à la situation de congé maladie est compté comme temps passé dans une position statutaire comportant l’accomplissement de service effectif et pris en compte pour la retraite.